Con la caída del imperio tolteca, grupos humanos del norte se diseminaron por varios lugares. A la región de Morelos llegaron los Xochimilcas que fundaron Tétela, Hueyapan, Tepoztlán, Totolapan y Xumiltepec y luego los Tlahuicas que fundaron Cuauhnáhuac, Yecapixtla, Cucuhnáhuac y Yautécatl.
Hacia 1398, reinó en Cuernavaca Moquíuix, hijo de tezozómoc, con lo que se inicio en Morelos el dominio mexica, que duraría hasta la llegada de los españoles. La entidad estaba dividida, para efectos tributarios, en dos partes, una encabezada por la actual Cuernavaca y la otra por Oaxtepec.
En la época colonial Morelos estaba vinculado al Marquesado del Valle, señorío otorgado a Hernán Cortés como recompensa por los servicios prestados a la Corona.
Posteriormente el señorío fue incautado en dos ocasiones: una en 1537 y la otra de 1707 a 1726 durante la independencia de México varios pueblos se levantaron en contra del gobierno colonial y se unieron a las fuerzas guerrerenses encabezadas por el cura José María Morelos y Pavón.
En 1834 se redacto el Plan de Cuernavaca, lo que hizo posible que Antonio López de Santa Anna asumiera el mando y evitara el establecimiento de la República Federal que propugnaba Valentín Gómez Farías. Con este triunfo de los conservadores, Cuernavaca fue elevada al rango de ciudad ese mismo año.
Con motivo de la intervención francesa se crearon en el entonces Estado de México tres distritos militares, uno de ellos formado por Cuernavaca, Yautepec, Jonacatepec, y Tetecala. Sin embargo, la región cayó bajo las fuerzas francesas y pronto Cuernavaca se convirtió en el sitio predilecto de los emperadores. Al triunfo de la República, el Congreso de la Unión aprobó la iniciativa de convertir al tercer distrito en estado de la Federación, con el nombre de Morelos. Su primer gobernador fue Francisco Leyva y de inmediato Cuernavaca fue elevada al rango de capital. La primera constitución política del estado fue proclamada en 1870.
Durante la revolución, Cuernavaca fue punto de reunión de Francisco I. Madero y Emiliano Zapata para que este último depusiera las armas y saliera del estado. Sin embargo, la crisis política registrada en 1913 trajo como consecuencia el fortalecimiento de las fuerzas zapatistas. El zapatismo promulga las aspiraciones del plan de Ayala y rescata la tierra de las haciendas azucareras y las reincorpora a los pueblos. Venustiano Carranza, ya como presidente, intensifica la campaña contra este movimiento. El comandante Jesús Guajardo finge unirse a las fuerzas de Emiliano Zapata y en la hacienda de Chinameca lo hace asesinar.